Theo Luật sư Bùi Sinh Quyền, Trưởng văn phòng Luật sư Phúc Thọ phân tích, đất đai hay quyền sử dụng đất không phải là hàng hoá, dịch vụ. Điều 2 của Luật Thuế giá trị gia tăng đây là loại thuế “tính trên giá trị tăng thêm của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong quá trình từ sản xuất, lưu thông đến tiêu dùng” do đó, cho rằng, việc đánh thuế giá trị gia tăng đối với chuyển quyền sử dụng đất sẽ không phù hợp với bản chất của loại thuế này. 

"Việc đánh thuế giá trị gia tăng đối với chuyển quyền sử dụng đất còn có thể gây nhiều tác động lớn như làm tăng giá đất đai, ảnh hưởng đến quyền tiếp cận mặt bằng sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp, quyền tiếp cận chỗ ở của người dân", ông Quyền nói.

Ông Quyền lấy ví dụ, một mảnh đất của người dân giá khoảng 2 tỷ đồng khi chuyển nhượng nếu đánh thuế VAT, người dân sẽ phải nộp khoảng 200 triệu đồng, trong khi \'lãi lời\' cũng chỉ được vài chục triệu đồng. Điều này hết sức vô lý và chưa chắc đã ngăn được nạn đầu cơ. 

Ngoài ra, ông Quyền cho rằng, nếu chỉ những tổ chức, cá nhân kinh doanh bất động sản phải nộp khoản thuế này thì sẽ gây ra sự bất bình đẳng về thuế khi mà những tổ chức, cá nhân khác không phải nộp. Hơn nữa, nó sẽ càng làm gia tăng những nhà đầu tư cá nhân mặc dù không đăng ký kinh doanh bất động sản nhưng vẫn mua đi bán lại bất động sản nhằm mục đích thu lợi. Ngược lại, nếu yêu cầu cả những tổ chức, cá nhân mua bán bất động sản quy mô nhỏ, không thường xuyên (không kinh doanh) cũng phải nộp thuế giá trị gia tăng thì sẽ gây những khó khăn lớn về việc lưu giữ hoá đơn, khấu trừ thuế, hoàn thuế do thời điểm mua và thời điểm bán bất động sản có thể cách nhau nhiều năm.

Đồng quan điểm, ông Lê Hoàng Châu, Chủ tịch Hiệp hội Bất động sản TPHCM lo thuế chồng thuế. Theo ông Châu, quy định hiện hành, chuyển quyền sử dụng đất không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT là phù hợp với thực tế và có lý, có tình, nhất là trong trường hợp chuyển nhượng nhà ở gắn liền với chuyển quyền sử  dụng đất. Bởi lẽ, tiền sử dụng đất dự án nhà ở là một khoản thu ngân sách nhà nước mà chủ dự án đã nộp tương tự như một khoản thuế.

\'Khi bán nhà ở kèm theo chuyển quyền sử dụng đất thì chủ dự án không phải nộp thuế GTGT (nghĩa là người mua nhà không phải trả thêm khoản thuế này) theo quy định tại khoản 6, điều 5, Luật Thuế GTGT. Nay, dự thảo luật dự kiến áp dụng thuế GTGT khi chuyển quyền sử dụng đất thì sẽ dẫn đến tình trạng “thuế chồng thuế”, làm tăng giá bán nhà mà người gánh cuối cùng là người mua. Do vậy, tôi kiến nghị không áp dụng thuế GTGT khi chuyển quyền sử dụng đất\', ông Châu cho biết.

Cũng theo ông Châu, đã gửi kiến nghị lên Bộ Tài Chính không áp dụng thuế VAT khi chuyển nhượng bất động sản.